Datastoreでクエリを使う場合、indexを定義したdatastore-indexes.xmlというファイルをWEB-INFの下に配置します。
eclipseのpluginを使ってローカル環境で開発を行っている場合、ローカル環境でクエリを行った際に自動的にWEB-INF/appengine-generated以下に"datastore-indexes-auto.xml"というファイルが作成されます。
以下がそのdatastore-indexes-auto.xmlの例です。

<!-- Indices written at Mon, 30 Nov 2009 05:59:46 UTC -->

<datastore-indexes>

    <!-- Used 1 time in query history -->
    <datastore-index kind="Hoge" ancestor="false" source="auto">
        <property name="hoge" direction="asc"/>
        <property name="fuga" direction="asc"/>
    </datastore-index>

</datastore-indexes>

これをそのまま移動、リネームしてWEB-INF/datastore-indexes.xmlにすれば使える･･･と思っていたのですが、どうやらこれではいけないようです。

<!-- Indices written at Mon, 30 Nov 2009 05:59:46 UTC -->

<datastore-indexes autoGenerate="false">
...
</datastore-indexes>

このように、datastore-indexes要素に"autoGenerate"属性が書かれていないとエラーになります。これはWEB-INF/auto-generated/datastore-indexes-auto.xmlを自動生成させるかどうかを設定する値ですが、WEB-INF/datastore-indexes.xmlでは必須になっています。
せっかく自動生成してくれるのだから、そのまま持ってきても動くように生成してほしいところですが…自動生成されたxmlをそのまま使おうとする際には気をつけましょう。